正常情况下，子宫内膜覆盖于子宫体腔面，如因某种因素，使子宫内膜在身体其他部位生长，即可成为子宫内膜异位症。这种异位的内膜在组织学上不但有内膜的腺体，且有内膜间质围绕；在功能上随雌激素水平而有明显变化，即随月经周期而变化，但仅有部分受孕激素影响，能产生少量“月经”而引起种种临床现象。

    异位的子宫内膜与行经一样，发生周期性出血，血液不能外流，刺激盆腔腹膜，发生粘连，形成疤痕，使输卵管受压梗阻；或使输卵管浆膜粘连成束、扭曲，从而影响摄取卵子的作用；或因粘连，子宫后倾固定，使精子不易进入子宫口；或因粘连包绕卵巢，卵子排不出；或因子宫内膜异位囊肿(又称巧克力囊肿)，异位于卵巢内的内膜病灶破坏了卵巢实质，影响排卵。以上种种原因，均可造成不孕。

    另外，隐性子宫内膜异位症(指盆腔腹膜上散在着点状或小片状的异位子宫内膜，无症状，妇科检查也查不出来，只有通过腹腔镜才能发现的子宫内膜异位症)，没有上述种种原因，为什么也发生不孕症呢。因为：
    ①异位的子宫内膜产生的前列腺素，显著高于正常的子宫内膜，过高的前列腺素可阻止卵泡增长，影响输卵管的蠕动而影响受孕；还可促成黄体退化，易导致流产。
    ②异位内膜周期性出血，不能外流，机体巨噬细胞进行吞噬吸收，从而诱发自身免疫反应，如血清抗卵巢抗体、抗子宫内膜抗体升高，影响排卵和黄体功能，影响孕卵着床。
    ③部分子宫内膜异位症病人可引起血清催乳素增高，抑制FSH分泌，使卵泡发育不良，导致不排卵或黄体功能不全而不孕。